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蒋介石在太原的最后一天，联合政府公布了由华毕成呈报的，各方最为关心的全国武装部队整编方案，全国之武装部队分为五大军区：西北军区、华北军区、华中军区、西南军区、首都军区。
华北军区暂以太原为司令部所在，朱晋一任司令官，有二十个整编步兵师，艾英雄的一个装甲战车师，空军十个战斗机中队和十个轰炸机中队，针对华北未光复领土和东北进行作战部署，以军区之内包括100师在内的原30集团军所属的100军、27军、55军为骨干，对阎锡山的晋绥军和卫立煌的14集团军，裁汰老弱，打乱重组。裁汰的老弱士兵转入后勤和正在组建的工程兵部队。
阎锡山和卫立煌被华毕成调入国防部担任副部长，对于晋绥军和14集团军的师长以上军官也大都采取了类似的明升暗降之法，对团长以下优秀基层军官选拔提升，并且大量补充新兵进行整训
西北军区的司令官是华毕成的另一个心腹赵建新担任，实际控制宁夏、甘肃、青海，名义上还控制新疆、西藏，主要是从事生产建设开发，并策应华北军区反攻东北三省，下辖编制十个整编师，另有两个师计划升级为摩步师，新列装的第二个装甲战车师也归西北军区。空军有五个战斗机中队以及五个轰炸机中队。
华中军区司令部设在湖南省府长沙，在华毕成的力主下，由薛岳担任司令官，所属兵力四十万，负责湖北、湖南、江西、广东四省的对日作战行动。
西南军区司令部设在重庆，全部为蒋介石的嫡系军队，蒋介石以大总统的身份亲自兼任西南军区司令官，此举一是为牢牢抓住枪杆子，二是可以有借口不去被华毕成控制的西安就职。
首都军区的兵力主要是原30集团军孙蔚如的38军改编的两个整编师，由孙蔚如担任司令官，驻扎在关中一带。
