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就任后的黎元洪开始了大刀阔斧的改革，在外交上他提出了“和平共处，五项原则。”在经济工作中其主张“大力发展生产力，解决贫苦，实现温饱。”在机构改革方面提出了“廉洁、高效、公正”。他的提案得到了执政党同仁的支持。当然，这些并不是黎元洪搞出来的，不过是他接受了杨的一系列建议罢了。
孙中山建立五权，黎元洪改五权为三权，黎元洪国会的讲话中肯定了孙中山的“五权分立说”，同时他指出了“五权分立说”的不足之处，所谓的监察院及考试院行同虚设，不能发挥有效的作用，所以这两个机构的存在，让本就臃肿的机构变的更加臃肿。黎元洪认为在开源的时候，也应注意节流。到底是坚持有中国特色的五权分立说，还是搞美国式自由、民主政治，国会进行了多轮辩论。美国对此高度关注。美国当然希望将他们的那一套移植到中国，如果成功的话，那可比帮助中国修建“长江水利工程”更有成就感，美国派出了大量的专家，为中国政府的体制改革提供高级建议。
反对者主要是孙中山的铁杆支持着。
黎元洪对“五权分立说”质疑得到了第三党派和无党人士的支持。
杨洪森私下也表示孙中山过于理想化。
黎政府面临的第二个问题是来自对日政策方面的，黎反对过分疏远与日本关系，认为中、日的矛盾以及存在的问题，可以通过政治对话协商解决。
“中、日两国的经贸往来的正常化有利于的地区性和平。”
这种论调赢得了英、美的支持，日本方面也做出了积极的回应。
杨洪森在新闻发布会针对法国记者提问时指出，“日本必须首先放弃对华敌势政策。”对于黎元洪新近的各种言论，杨洪森答道，“我将全力配合总统的工作。”
