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魏忠贤的出现打乱了明朝的文官治国体系，在他疯狂的屠杀迫害之后，行政权力转移到宦官，大臣的权力被剥夺。
明朝的宦官专权实际上是皇帝想夺回权力的工具。宦官们惟利是图，被阉了后只有依靠皇权才能生存，除了皇宫连谋生的本领都没有。而且，对于那些宦官，如果皇帝嫌他权利太大，与之形成矛盾，皇帝不高兴了一纸诏书就可以扳倒，因为这时皇帝就与内阁和大臣一边了。这绝非唐朝时，宦官权利大到可以杀皇帝可比。比如英宗于曹吉祥，宪宗于汪直，武宗于刘瑾，思宗于魏忠贤，无不如是。
朱元璋废宰相一职，仿宋殿阁制设内阁。明朝在中央设置六部、五寺、特务机构内行厂、三公、诸司、外三监、内十二监。
六部
明朝在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，取消中书省。六部因此地位得到了提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以吏部（主管文官升迁）最为重要，户部人员最多。礼部（主管祭祀大典）与工部（主管公共建设）地位较低。
监察机构
在洪武十三年前，明朝还沿袭元的监察制度，设立御史台，有左右御史大夫各一名。洪武十三年后，朱元璋废御史台。两年之后，朱元璋设立新的监察机构—都察院。都察院下面设立监察御史若干人，分巡全国各省，称为十二道监察御史。每道有监察御史三至五人，范围大体为一省。但监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。到明末，监察御史分为十三道，共有一百一十人。
