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后来志村团藏连同大蛇丸和一名油女一族突然出现在孤儿院，要胁曾在谍报部有“行走的巫女”之称、旧名药师野乃宇的院长前去长期侦察岩忍者村是否有拟定大规模作战计划，团藏在查觉到在窗外偷听的兜后，声称需要孩童成为木叶忍者来替补获得这次情报牺牲的团藏部下，并以当次的补助金作为交换条件，成功将兜纳入自己麾下。
从此，兜被培训成忍者间谍，在云、雾、砂、岩等其余国家的忍者村搜集情报，擅长抹杀自己的行踪及气息。五年后在岩忍者村待命的兜因为失误遭遇袭击，与他交战重伤的敌方忍者竟然就是院长，试着呼叫她，但濒临死亡的院长不认得他，随后兜被其他支援的敌方忍者逼退，迷惘的兜独自一人到了河边思考着自己为何会被最重要的人给遗忘。
这时遇见大蛇丸，被带至他的基地作为第一位访客，随后从大蛇丸口中得知团藏在他一离开孤儿院就向院长说出其实兜是为了他们的补助金而自我牺牲、加入了“根”，在院长的请求下团藏宣称只要杀死某个人就会解放兜，而那个要杀死的人实际上就是“真正的兜”。原来一开始团藏为了避免两人相遇把他们分配到不同地方执行任务，院长只能借由照片了解兜的成长过程和安全与否，而照片在中途被换成别人的照片，导致不知情的院长去杀害被她当成双重间谍又试图解救的兜本人，而大蛇丸原本是奉命要同时解决掉兜和院长，但是因为看上兜的才能而无意执行，在得知真相的兜决定接受大蛇丸邀请加入不隶属任何国家的音忍者村。
另外“兜”的名字，是他在孤儿院时院长药师野乃宇起的名字；“药师”的姓氏则是继承了野乃宇的姓氏。
“药师”一词源自传说中的神祇药师如来。传说中的药师如来能为信徒消除烦恼，免其受苦，消灾延寿，灭除一切灾劫病苦。另外，照字面意思，药师的名字正显示了其对药物（兵粮丸、凝血丸）及医术的精湛掌握。
