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并从这十三万天主教徒中，抽调三万人进行严格的军事训练，并取名为‘审判军’，意为审判德川幕府这些年，对天主教徒的压迫和迫害。
此前天草四郎率军作战，都是依靠麾下天主教徒悍不畏死的表现，这种情况打打顺风仗还行，一旦大军遭遇逆风，仅凭信仰很难翻盘，所以，天草四郎听取了冯保派人传达的意见，不再对倭国的本土发动进攻，开始在天草岛积蓄力量，与倭国大军长期对峙。
这种局面，正是杨三生想要看到的情况，倭国被内战拉扯大量的精力，但却由于水军的缘故，无法消灭叛军，只能长期与叛军隔海对峙。
有了天草四郎的存在，杨三生就可以把布置在对马岛的五千兵力抽调回来。
对马岛拥有冯保指挥的第四舰队保护，陆军就可以从对马岛上撤回来了。
根据冯保的安排，对马岛常驻四艘扬字级战舰，济州岛常驻两艘扬字级战舰，巨济岛常驻四艘扬字级战舰。
虽然对马藩被德川幕府认定为叛乱藩镇，但宗义成并没有宣称脱离倭国，因此，在贵族叛乱和宗教叛乱之间，德川幕府选择了优先消灭宗教叛乱，因为，消灭这两处叛乱，都需要用到大量的水军。
由于对马岛和佐渡岛，距离日本本土较远，两座岛上的人口加起来都不到五万人，且还是发展相对落后的地区，抛开佐渡岛上的金银矿不谈，这两座岛并没有多大的发展潜力，对马藩撑死了也就能组建一万大军，对德川幕府的统治，并没有多大的威胁。
而占据天草岛等地方的宗教叛军则不同，天草岛紧靠九州岛，威胁巨大，不仅拥有朝鲜李珲海军的相助，还拥有十几万虔诚的天主教徒，这些人中，除开妇孺外，可战之兵达到七成，孰轻孰重，德川家光自然分得清。
