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帕里斯王子果然如普罗米修斯预测的那样，从希腊劫走了美丽的王后海伦。这对希腊人来说是奇耻大辱。战争爆发了。
普罗米修斯以普通士兵的身份加入了攻打特洛伊的希腊联军。运用预知能力，他帮助希腊军队连续打赢了数场胜仗，迅速被提拔为希腊联军的将领之一。
一次，希腊军的大将阿喀琉斯在普罗米修斯的帮助下，洗劫了克律塞城，掳来了阿波罗神庙老祭司的女儿，这姑娘长得很美。普罗米修斯有意将其作为战利品献给了希腊军统帅阿伽门农。
阿伽门农占有老祭司的女儿后，老祭司持着和平的金杖，顶着代表“太阳神”阿波罗的花冠，带着巨额赎金，来到希腊军中乞求放回女儿。
众人都尊重这年老的祭司，也愿得到赎金，打算同意他的请求。但普罗米修斯却暗中对阿伽门农说：“您是全希腊军的最高统帅，却连自己的一份战利品也保不住，传出去的话，您威严何在呢？”
因此，阿伽门农改变了主意，他指着老祭司骂道：“老家伙，快滚！不管你是什么祭司，等我攻下特洛伊，我要带你的女儿回希腊去，做我的妻子。”
老祭司胆战心惊，满心忧愁。他伤心地来到神庙，向阿波罗哭诉：“尊敬的太阳神呀，希腊人无礼地欺辱我这孤苦的老人，请您为我主持公道吧！”
阿波罗得知有人竟敢对他的祭司如此无礼，大为愤怒。本来，超能力者们受到天神告诫，都不敢参与战争，但阿波罗年轻气盛，并自恃是50个超能力中最强的几个之一，他不顾神的告诫，来到希腊军前，将太阳的光芒凝聚成无数光箭，射向希腊战士。
阿波罗的神箭一连射了九天，普通士兵根本无法与具有神力的阿波罗对抗。希腊将士死伤无数，节节败退。
然而，阿波罗没想到的是，他射死的希腊将士中，有一位叫作狄俄墨得斯的将军，是希腊军中最勇敢的将领之一，同时，他也是另一位“女神”的亲弟弟。这位女神，正是后来和宙斯结婚，被尊称为“天后”的赫拉。
赫拉得知弟弟被太阳神的神箭射死，勃然大怒。她也将神的告诫抛到脑后，发誓要向阿波罗复仇。
赫拉的能力十分可怕，被她接近并施以“惩戒”的人，都会陷入极端痛苦后死于非命。一向自负的阿波罗也惧她三分，暂时撤走了。
赫拉没能为弟弟报仇，便迁怒于其他跟太阳神有关的人，一些无辜的人惨死于她的恐怖能力之下。人们十分害怕她，称其为“复仇女神”。
阿波罗和赫拉的行为公然违背了神的指示，但其他超能力者们发现，神并没有再次出现施加惩罚。他们也纷纷按捺不住了，因为他们也分别是希腊人或特洛伊人，互相仇视已久。一旦有人率先出手，其余超能力者们一个个都投入了战争。
太阳神阿波罗、战神阿瑞斯、爱情女神阿佛洛狄忒、彩虹女神伊丽斯支持特洛伊人，复仇女神赫拉、海皇波塞冬、女战神雅典娜、睡神修普诺斯等人则站在希腊人一边。
人和“神”的大混战令战争白热化。这场旷日持久的战争持续了近十年。在此期间，超能力者们战死、战伤，最后只剩下十余人。
“众神”参与战争之际，普罗米修斯却悄然离开了。因为他的目的已经达到，只需隔岸观火、收拾残局即可。这场著名的特洛伊战争中，几乎没有留下普罗米修斯的名字。更不会有人知道，将战火升级的，正是这个日后被称为“先知之神”的人。
战争的最后阶段，情况十分惨烈。一场战斗中，特洛伊王子帕里斯和希腊军大将阿喀琉斯纷纷战死，双方死伤惨重。希腊人又攻了几次，均未能得手。特洛伊城高大坚固的城墙，保护了特洛伊人。他们坚守城池，再也不出战了。
这个时候，普罗米修斯再次现身了。他清楚，战争必须有一个结果，不能就此不了了之。“众神”之间，也必须做出进一步了断。
利用非凡的智慧，普罗米修斯想到了一个妙计。他将此计献给希腊军中一个叫西农的人。正是因为这条“伟大”的木马计，希腊人反败为胜，获得了特洛伊战争的最终胜利。
漫长的战争结束后，人和“神”皆疲惫不堪。本以为终于可以过上安定的日子，但瘟疫和天灾又在不久后接踵而至。
人世间再次陷入恐惧和混乱，人们此时可以依靠的，就只有战争后剩下的十多位“神”了。而事实上，“大地女神”德墨忒尔、“女灶神”赫斯提亚、“酒神”狄俄尼索斯、“纺织女神”赫斯提亚、“风神”埃奥洛等善良正义的超能力者，也确实为人类带来了福祉。他们帮助人类战胜瘟疫、克服灾难、重建家园，得到了人们的景仰和崇敬。
然而，普罗米修斯却在盘算着别的事情。他认为，世界上不需要这么多“神”，只要一个足矣。这个最伟大的神明，就是他自己。唯有他，才能最终统领和指引人类。
就像当初发现战争带来的契机一样，普罗米修斯再次找到了令众神不和的切入点。这个时候，能呼风唤雨的“雷神”宙斯（被人们尊称为“天父”）和“复仇女神”赫拉结婚了。强强组合，使他们成为“众神”的领袖。但在普罗米修斯看来，这正是上天赐予他的又一次良机。
普罗米修斯非常清楚宙斯好色的本性，更清楚赫拉善妒的个性。要挑起他们互相争斗简直太容易了。
各种关于宙斯和其他女神胡搞的谣言开始流传，这些被夸大其词的谣言传到了赫拉的耳朵里。赫拉嫉妒心极强，且善猜忌。即使没有这些谣言，她也时常怀疑丈夫不忠。听到这些传言后，她找到丈夫兴师问罪，两人为此争吵不休，关系出现了裂痕。
