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死海古卷支离破碎，再加上相关学者间的学术竞争所引发的问题，致使其出版和解读举步维艰、旷日持久。直到最近，人们还在为这项工作的拖沓而争论不休，但需要看到，从20世纪50年代开始，已经有大量死海古卷被出版和译成英文，很容易获得。未出版的古卷中，大部分目前也发行了临时性质的版本。
这一时期还有一个团体，名为撒都该派，但我们知之甚少。他们看来主要包括见多识广、属于贵族的祭司阶层，而祭司是前文提到的两个团体反对的对象。
从犹大·马卡比时代开始，罗马人成为犹地亚政局的幕后推手；撒罗米去世后，朝纲混乱，罗马人便直接插手。庞培大举进攻整个近东，占领耶路撒冷，将犹地亚变成罗马的属国，剥夺许尔堪二世（公元前63—前40年在位）的国王头衔（但仍然让他当大祭司，所以他名义上仍是犹太人的领袖），又削减他的领地。公元前37年，罗马人干脆废黜哈斯摩尼王朝，转而立希律（公元前37—前4年在位）为犹地亚王。
希律的统治标志着犹地亚历史一个有趣的转折，因为他连犹地亚人后裔都不是。他的祖先是以土买人，本居住在犹地亚以南的土地上，约翰·许尔堪后来征服和同化了以土买。希律的父亲在哈斯摩尼王朝供职，后被尤利乌斯·凯撒任命为犹地亚摄政官。希律有外族血统，不能担任大祭司；大多数法利赛派从不承认他是合法统治者，双方关系一直紧张。他渴望赢得臣民的支持，为此摆出尊重犹地亚的文化和宗教的姿态，但实则完全效忠于罗马人的利益，热衷于希腊文化。他能够上位，是因为一批批罗马将军和皇帝都发现，他是冷酷无情的操纵者、才华横溢的外交家和顾全大局的人，这些品质可堪大用。
希律的政治生涯与罗马史上一个重大事件——马克·安东尼和屋大维之间的冲突——有交集。希律支持安东尼。但安东尼的情人是埃及托勒密王朝的女王克利奥帕特拉，她施计离间他和安东尼，企图让巴勒斯坦脱离希律的统治，重新划归她管辖。公元前31年，屋大维通过阿克兴（Actium）战役打败安东尼和克利奥帕特拉，希律反而赢得屋大维的信任，尽管他一度效忠于屋大维的死对头，但他还是设法让屋大维相信，他具有潜在的利用价值。当上奥古斯都皇帝（公元前27—公元14年在位）后，屋大维让希律成为罗马在东方最有权势的诸侯。希律大举扩张，其领地几乎跟约翰·许尔堪和雅拿时期的领地一样大，还包括许多非犹太人口。他随心所欲地重组国家行政体系，削弱犹太教公会（这是犹地亚的最高审议机构）的权力，限制大祭司的任期，并起用一支只效忠于他个人的外籍雇佣军。
<a id="ck46"></a>希律和他的王国一起飞黄腾达。他采取措施扩大灌溉、镇压匪盗，改善了农民的生活条件。作为统治者，他世故老成、见多识广，把希腊文人和学者迎到犹地亚。他兴建引水渠、剧场和其他公共建筑，用这些令人印象深刻的建筑项目改善国家形象。他还营造新城市，在古代撒玛利亚城原址上新建的塞巴思特（Sebaste）和地中海边上的凯撒利亚尤其受人瞩目；他建造新要塞，如耶路撒冷的安东尼亚要塞（the Antonia）、耶路撒冷南缘的希律堡（Herodion）、建在悬崖上可俯瞰死海的马萨达（Masada）；他还为自己建起富丽堂皇的宫殿。他最著名的工程是重修圣殿，在大规模拓宽原址的基础上，宏伟的宗教建筑群拔地而起，彻底替代之前已历经四百多年的朴素建筑。这种对民族宗教的敬意，就连希律的诋毁者也点头称道。事实上，希律重修圣殿，部分目的恐怕就是要赢得保守的犹太臣民的效忠。今天耶路撒冷的哭墙（也称西墙），正是当年希律圣殿的挡土墙的残留。
不过，这些成就都有代价。出于病态的猜忌，对任何能威胁到他权力的哈斯摩尼家族成员，希律统统赶尽杀绝，包括他的妻子玛利安妮（Mariamne）和三个儿子——在这些公案中，他的怀疑有时完全是合理的。然而，他又对自己犯下的恶行感到愧疚和抑郁。他的宫廷仿佛颓废的中心，聚集着残暴、阴谋和背叛。即便如此，希律仍是整个犹太史上成就最大、最丰富多彩的人物之一，完全配得上他的俗称：希律大帝（Herod the Great）。
这一称号还用来区别那些同名家族成员（故又有“大希律”的意思），他死后，他的王国被罗马人分割成几部分，同名家族成员成为这几部分的统治者。其中一位叫希律·安提帕，又叫分封王希律（Herod the Tetrach，公元前4—公元39年在位），统治着加利利地区和一部分外约旦；他就是杀害施洗约翰的那位希律王，据说是受他妻子希罗底和继女撒罗米<a id="cp-back" href="#cp"><sup>(4)</sup></a>的挑唆。
犹地亚和罗马帝国的关系从此每况愈下，最终引发公元66年的犹太人叛乱。首先是在公元6年，犹地亚被重组为罗马行省，由多位异域出生的总督（procurators）先后执掌。他们大多腐败无能，从而激化了犹太人民和罗马当局的紧张关系。其中本丢·彼拉多最有名，他在任期内（26—36年）将耶稣钉上十字架。此事对日后的世界史至关重要，更别提对后来犹太史的影响了，但在当时，它只是众多反映罗马残暴统治犹地亚的事件之一。彼拉多曾下令将象征罗马帝国的鹰徽加在军团旗帜上，就引发过更大的骚乱。多年来，颐指气使的罗马官员、苛捐杂税、敌对的罗马军队和军队中无处不在的异教仪式，都让犹太人的怨恨日益加深。卡利古拉皇帝在位期间（37—41年），怨恨差点酿成叛乱，卡利古拉要求人们把他当作神崇拜，并下令在耶路撒冷圣殿中竖立他的金像。幸亏疯狂的皇帝很快一命呜呼，动乱才得以平息。
在卡利古拉的继任者克劳狄治下，情况暂时好转，他扶植大希律的孙子希律·阿格里帕，让他担任这一地区北部的统治者，后来又当上犹地亚王（41—44年）。希律·阿格里帕和皇帝私交甚笃，能得到皇帝准许，在这个多事之地便宜行事；与此同时，他比大希律更同情犹地亚人的生活方式和宗教，因此更受臣民信任。法利赛派视他为盟友，不过非犹太人臣民不他，当时人数还不多的耶稣的追随者尤其厌恶他。
但犹地亚本土仍归罗马总督治理，他们让罗马统治越来越不得人心，形势日趋严峻。匕首党（Sicarii）现身城市街头，用匕首刺杀涉嫌勾结罗马统治的人。在凯撒利亚（总督驻地），犹太人和希腊人爆发冲突，而平民与士兵间的矛盾更是不断。最后一任总督是弗洛鲁斯，他大肆敛财，甚至企图侵吞部分圣殿财宝，酝酿已久的叛乱便无法控制了。公元66年，祭司不再代表罗马献祭，群众起义随即爆发，很快演变成罗马史上著名的“犹太战争”。
战争持续了四年，部分是因为罗马人猝不及防，部分是因为罗马将领韦斯巴芗在公元68年尼禄皇帝死后为了争夺帝位而离开战场。在犹太战争间歇期，犹地亚不同的犹太派别出现内讧，导致最终的溃败。其中，奋锐党人（Zealots）特别棘手，这些人是暴力革命者，会攻击贵族和其他在他们看来不积极作战的团队。公元69年，韦斯巴芗皇位坐稳后，派儿子提图斯（Titus）完成对犹地亚的征服。罗马军队在公元70年攻破耶路撒冷，焚毁大希律建的圣殿。一些要塞多挺了几年；匕首党被围困在马萨达要塞内，为避免落入罗马人手中，他们于公元73或74年集体自杀。
攻占耶路撒冷是韦斯巴芗登基以来的首场军事大捷，他举行盛大的凯旋庆祝。他发行纪念币，又将犹地亚俘虏和劫自圣殿的礼器作为战利品游街示众。罗马广场上竖起一座凯旋拱门，纪念此战；拱门内侧的浮雕上刻画着劫自圣殿的七枝烛台。这座拱门至今矗立在广场遗址上，供游人驻足怀古。
罗马人征服埃及（公元前30年）后，希腊化的埃及犹太人仍然繁衍兴盛。他们享有自治社群的地位，由一位名为“族长”的领袖管理，这一职位后来由长老会取代。但是，他们的待遇不如托勒密王朝时期好，因为罗马人不承认他们是希腊人，而把他们归入埃及臣民。埃及犹太人既要求被承认为自治的社群组织，又要求享有全部公民权利，这在罗马人看来实在太放肆了。
