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宋明学术虽然经历了曲折的过程，有诸多的限制因素，但由于以朱熹、王阳明等为代表的书院大师及其门人以自己的学识与勇气，积极进行学术创新与传播，使中国古代学术在宋明时期再次走向繁荣。
（三） 调适书院发展与现实需要矛盾的智慧
在困扰书院发展的各种因素中，科举取士制度是力量最强大的。科举制度自隋代创立以来，地位逐渐提高，至宋代发展为主要的文官选拔制度，因而读书应举、博取功名成为大多数士人的毕生事业。至明清时期，科举考试的影响已经无孔不入，“这些科举考试构成了国家最重要的事务，因为它事关权位、声望、荣誉及财富。它们是大家关切地注意的目标，是大家关怀备至、魂系梦萦的事物”。在这种社会氛围之中，如何在保持书院重儒家学说的研究、传播和重道德培养的特点的同时，教授科举知识，让生徒在场屋竞争中获得功名，并且使二者维持相对平衡、甚至是相得益彰，成为考验书院大师智慧的重大课题。
书院大师们对于生徒应试的态度是逐渐转变的，一般来说是随着科举制度地位的提高，他们对书院教授科举知识的抵触情绪逐渐降低，直至通过教授科举知识来帮助生徒应举。二程创办书院以培养“希贤希圣”之士为己任，反对书院生徒为应举而学习，程门高足谢良佐准备应举时，程颐以参加科举考试不利于道德养成为理由表示了反对。但是谢良佐还是坚持应考，并于元丰八年（1085年）乙丑科进士及第，这说明程颐反对生徒应举也只是表现在言论上，并未从根本上禁止生徒应举。
针对士人片面追求科举，而忽视道德养成的学风，以朱熹为代表的书院大师都提出了严厉批评，他们的批评基本上都集中在科举考试重道艺，不重德行，以及由此引发的弊端之上。但他们并非要从根本上否定科举制度，而且认为书院与科举完全可以并行发展，并不存在水火不容的矛盾。
而对于科举的这种认识，为书院大师们调适书院的教育理念与科举的矛盾提供了可能。他们普遍认为士人通过研习儒家经典，将儒家思想内化为良好的道德品质，养成高尚人格是科举应试的前提。而在教学实践中，为协调学习儒家经典和读书应举之间的矛盾，书院大师们认为只要能合理地分配时间和精力，并将学习儒家经典摆在相当重要的位置之上，二者之间就不会产生矛盾。书院大师们在科举制度风行的现实面前采取主动适应科举的态度，这既是他们为维系书院内在发展规律的一种无奈的选择，又是他们适应现实智慧的表现。
随着科举取士地位的提高，明清书院虽然继续强调道德养成是应试的基础，但科举应试在书院教学中的比重日益上升，书院甚至沦为了科举的附庸。尽管大师们为坚守书院的人文精神作出了种种努力，但也难以抵挡科举应试对士人的巨大诱惑，他们甚至不得不屈从于现实，直接开展科举教学。
三、 启示：当代中国大学校长的素质
尽管当代大学面临的现实限制与书院已经大不相同，但书院大师敢于直面现实困境，以及在超越困境过程中表现出来的人格魅力、创新学术的勇气和调适书院与现实矛盾的智慧，应当可以成为当代中国大学校长借鉴的宝贵资源。据此，笔者认为当代大学校长必须具备以下三个方面的素质：
