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自庆历修举学校，而书院之盛，日出未已。大略北方所置，则仿嵩阳、睢阳，南方则仿白鹿、岳麓，莫之与京，是之谓四大书院。然自金源南牧，中原板荡，二阳鞠为茂草。故厚斋谓岳麓、白鹿，以张宣公、朱子而盛，而东莱之丽泽，陆氏之象山，并起齐名，四家之徒遍天下，则又南宋之四大书院也。（全祖望.答张石痴征士问四大书院帖子.鲒埼亭集外篇,卷四五.）
自中原沦于金兵铁蹄之下，北方书院荡然无存。而岳麓、白鹿、丽泽、象山四所书院则崛起于长江流域，成为“南宋之四大书院”。值得注意的是，这四大书院均有名师主持，张南轩主岳麓，朱熹主白鹿洞，吕祖谦主丽泽，陆九渊主象山。由于他们四人是南宋理学思潮四大学派的宗师，所以这四大书院又成为当时名声显赫的四大理学学派的基地。
由于南宋时期长江流域的书院均与理学思潮结合，随着理学思潮的进一步发展，特别是宋理宗之后，理学的地位得到朝廷确认，书院则更是如雨后春笋般地发展起来。长江流域几个书院发达的地区，如江西、浙江、湖南、福建、四川等，每个地方的书院都多达数十所，可见这种以书院为代表的教育体制在南宋时期的长江流域已经完全确立。整个宋代的书院建置数目表明，长江流域的书院数量已占全国总数的74.43％，黄河流域仅占3.25％。
唐、宋只是书院教育制度的萌芽、成长、定型期，长江流域成为这种新型教育体制的丰厚土壤；元、明、清则是中国书院的发展及普及时期，而长江流域更是书院普及发展的基地。总之，长江流域各地书院的数量、规模、影响均远远领先于其他地域，保持了长江流域书院建设发展的优势地位。
元代的书院教育得到了全面的推广和普及，故而才有“书院之设，莫盛于元”之说。这种推广和普及的力量主要来自两个方面。首先是民间的力量。元代书院中相当多者仍保留了民间教育组织形式的这一特点，大量不愿仕元的宋代遗民主要是通过在民间创办书院以从事独立的教学、学术研究活动。尤其是在长江流域一带，在宋代就有许多由理学宗师创办、主持的书院。具有强烈道统意识的儒家学者或是恢复原来的书院，或是新建书院。如理学发达的江西、湖南、福建、浙江等地的许多书院就是在这种背景下恢复起来的。加之元代当局对这种民间兴学的热忱并不制止，反而是鼓励。至元二十八年(1291年)元世祖明文规定：“先儒过化之地，名贤经行之所，与好事之家出钱粟赡学者，并立为书院。”
元史·选举志.元代有许多人不仅出钱资助那些“先儒过化之地”的书院，还积极捐钱捐田创建新的书院。在元人文集的书院记中，有大量民间捐田建书院的记载。元代政府亦对这种民间的个人行为予以表彰，如退居故里的千奴，他“退居濮上，筑先圣宴居祠堂于历山之下，聚书万卷，延名师教其乡里子弟，出私田百亩以给养之。有司以闻，赐额历山书院”（元史·和尚传，附千奴传.）。
其次是官府对书院教育的大力扶持，亦使书院能够得到较快的推广和普及。元代所建的第一所书院就是由朝廷所建的燕京太极书院，这表现出元政府对书院教育的承认，亦对以后的书院推广政策开了一个先河。此后，各级地方官府纷纷效法，官员们纷纷在自己的治所建设书院。长江流域的大量书院就是由地方官员主持、地方财政创办的。如浮梁的绍文书院、吉州的白鹭洲书院、潭州的岳麓书院、婺源州的晦庵书院、南康的白鹿洞书院、青田的石门书院等，都是由地方官府出面主持修复或修建的。为了保证书院教育的建设发展，元政府还对书院的管理给予了特殊的关照。最重要的就是把主持书院教育的山长列为朝廷命官：凡州县书院的山长与学正、学录、教谕一样，并由礼部任命；凡各省所属书院的山长，则与所属州县学正、学录、教谕一样，并受行省及宣慰司授命。另外，书院的生徒也与官学的学生同等对待。“自京学及州县学以及书院，凡生徒之肄业于是者，守令举荐之，台宪考核之，或用为教官，或取为吏属”（元史·选举志.）。这些政策，虽然导致书院官学化程度的加强，使书院失去了原有的特色，但是确实也起到了使书院得以推广和普及的作用。
民间和官方共同努力，是明、清时期书院得到大力推广和普及的主要原因。一方面，由于民间士绅对书院教育的极度热忱和向往，他们普遍将资助、创办书院看做是自己的社会责任、文化使命与“兼善万世”的历史功业，故而往往将最大的热情倾注在书院建设上。另一方面，官方虽然对书院自由讲学有所限制，但对书院在发挥基础教育、精英教育及社会教育方面的作用亦是肯定的，故也倾注力量对书院加强扶持，希望借助书院教育，以实现“建国君民，教学为先”的目标。
在这股关于书院的推广普及的热潮中，长江流域一直居于全国的前列。根据地方志、书院志及文集等文献记载，元代书院共有296所，而其中建置于长江流域诸省的书院则占了68%。它们主要分布的省区为:江西（94所）、浙江（49所）、湖南（21所）、福建（11所）、湖北（9所）、江苏（10所，其中包括上海的4所）、四川（5所）、贵州（3所）。而黄河流域、珠江流域所建置的书院分别只占总数的百分之十几。（参见陈谷嘉，邓洪波.中国书院制度研究.杭州：浙江教育出版社，1998:355.）。由此可见，长江流域的书院建置仍是非常繁荣发达的。尽管元代建都于北方，元政府又十分重视书院，在燕京建立了第一所书院，同时在南方诸省搜罗、邀请了不少名儒，但是，北方的书院教育仍然远远落后于有着深厚文化教育根基的长江流域。
长江流域书院教育的推广与普及在全国遥遥领先，这一基本格局一直延续到明、清两代。由于民间、官方的共同努力，明、清两代的书院在成倍地增加,书院的设置更趋普遍化，几乎每个府县都创办了书院，文化教育发达的州县的书院更是达到数十所之多。另外，许多边远地区、少数民族地区也纷纷创建书院。在这种书院教育全面推广、普及的过程中，长江流域的书院教育保持了兴旺发达，并引领书院发展的时代潮流。从书院建置的数量统计上可以明显发现，长江流域的江苏、浙江、安徽、江西、湖南、湖北、四川等省的书院建置数量，在全国一直是遥遥领先的。
二、 长江文化的发达是长江流域书院崛起的历史条件
唐、宋以后，长江流域书院的崛起，并不是一个孤立的现象，而是与当时长江文化的发展息息相关。唐、宋以降，长江流域的书院教育能够萌芽、兴起、发展及全面推广，并总是居于全国的先列，离不开唐、宋以来文化重心南移、长江文化蓬勃发展的历史背景。
古代书院兴起于唐、宋，这恰恰是中国文化重心由北向南转移并最终完成的历史时期，所以，探讨书院教育为什么会是长江流域为盛，这都与中国文化重心南移、长江文化崛起的大背景直接相关。
尽管现代考古学材料不断证明，从远古时代到新石器时代的长江文化是十分发达领先的，但是从青铜器时代的夏、商、周三代到秦汉之时，长江文明落后于黄河文明却是一个不争的事实（参见叶书宗等.长江文明.前言.上海：上海教育出版社，2001.）。
