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但是，自魏晋南北朝以后，中华文明逐渐演化出一种新的不平衡格局。西晋时期发生的永嘉南迁，导致一个延续数十年之久的大规模由北向南的移民**，其直接结果就是推动了南方经济、文化的发展和政治地位的提高。从唐代开始，长江流域经济不断发展，其在全国的经济地位也不断上升，并逐渐成为了全国的经济重心。经济是文化发展的基础，随着长江流域经济的发展、趋强，其文化也获得了很大的发展。到了两宋，长江文化在不断地发展，并且完成了文化重心南移的历史转变。
唐、宋时期，长江文化的持续发展体现在许多方面。这里列举几个主要条件，以阐述书院形成、发展的社会文化原因。
(一) 士人社会的发展
唐、宋以后的一千多年，士人社会与书院教育有一种很强的互动关系：士人社会的发展，必然通过积极地创办书院以表达自己对社会的责任和对文化的关怀；书院教育的发达，又可以培养、再生新一代士人。长江流域的书院之所以那么发达，其重要的条件是唐、宋以后这个区域的士人社会发展得很快，由于士绅的社会力量，终于推动着长江流域不断兴起一个个创办书院的热潮。
唐中叶以后，长江流域士人社会的发展从多方面体现出来。如有人统计《新唐书》中列入《儒学传》、《文艺传》的人物，其籍贯可考的有122人，其中唐代前期有81人，南方人氏占27人，占总数的33%；后期共41人，南方人氏占23人，占总数的56%。另外从唐代进士人数的地理分布也反映了这一问题。据统计，在安史之乱以前，唐进士及第的总人数为275人，其中来自长江流域的仅有68人，约占总人数的25％。安史之乱以后，全国进士及第人数为713人，其中来自长江流域的人数达407人，占总人数的57％(参见赵文润.隋唐文化史；陈正祥.中国文化地理.引自叶书宗主编.长江文明史.上海：上海教育出版社：223—224.)。
可见，无论是从《新唐书》中列入《儒学传》、《文艺传》的人数，还是从唐代进士人数的分布来看，唐代后期长江流域的士人社会均呈进一步发展的趋势，而书院的萌芽也恰恰在唐中叶以后。长江流域的书院能够一直在全国居于领先地位，确是由于长江流域士人社会的发达，它们构成了书院形成与发展的坚实的社会基础。
(二) 学术思想的繁荣
书院既是中国古代的教育中心，也是学术思想的研究中心。因此，书院的盛衰与宋以后学术思想的盛衰是同步的。学术思想的繁荣发达，总是要寻求、获得相应的教育组织来传播的，这在一定的程度上促进了书院的发达；而书院教育的发达，亦可进一步促进学术思想的繁荣（参见朱汉民.湖湘学派与岳麓书院.北京：教育科学出版社，1991：2）。因此，学术思想的发达繁荣成为书院创建、发展的重要条件。
唐、宋以来，中国学术史上最重大的发展，就是出现了综合儒、佛、道思想的更具综合性的学术形态——理学。理学思想起源于中唐以后，创建于北宋之时，大盛于南宋，其发展的进程几乎与书院同步。因此，它和书院之间有着密切的相互促进的关系。唐代以前，长江流域的学术思想总是处于边缘地位，虽然也出现了一些著名学者和学术成果，但在整个中国学术史上并不占有重要的地位。而理学思潮出现后，情况则发生了很大变化。理学形成于北宋，理学开山鼻祖周敦颐出生于道州营道县(今湖南道县)，他的学术活动主要集中于长江流域一带。由周敦颐所奠基的理学成为宋以后占统治地位的主流学术，标志着长江流域学术地位的崛起。特别是到了南宋，理学学术的重心完全转移到了南方，长江流域一带成为理学的重镇。理学史上几个重要的学派，如朱熹的考亭学派、陆九渊的象山学派、胡宏和张栻的湖湘学派、吕祖谦的婺学派，另外还有与理学展开学术争鸣的浙东事功之学，包括永嘉学派与永康学派，都活跃于长江流域一带。他们在这里研读经史、阐谈义理、会讲论辩、著述出书。书院成为他们从事学术研究、传播思想、创建学派的最好场所。总之，两宋时期书院的繁荣发达，离不开这些活跃于学术前沿的学子们的热忱。
(三) 佛道宗教的发达
书院作为中国古代最具特色的教育组织，一方面在于它兼有传统私学的自由讲学与官学制度的完备这两个长处，另一方面则在于它兼收了儒家人文教育与佛道宗教教育的各自特色，佛道宗教对理学的形成产生了很大的影响。所以，佛道宗教的发达，又构成了书院建设及理学学术发展的重要文化条件。
佛教作为一种外来宗教，自东汉就传入中国，两晋以后进入发展繁荣阶段。南北朝时期不仅北方的佛教文化十分发达，长江流域的佛教传播也十分繁荣。“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”的诗句，真实地反映了江南一带佛教发达的情况。尤其是天台宗、禅宗更在长江流域获得充分的发展。天台宗是中国佛教最早创立的一个宗派，因创始人智常住浙江天台山而得名。天台宗的教义主要依据《法华经》，故其又称法华宗。由于《法华经》曾在江南一带广泛流传，智法师以此为理论基础而创立天台宗，天台佛学中的一心三观、一念三千、圆融三谛、佛性说等均对中国的佛学产生了深刻影响。到了唐代，天台宗又有进一步的发展。总之，天台宗的兴起，主要是在长江流域一带，体现了长江宗教文化的发展。同时，长江流域又是中国化佛学——禅宗的大本营，在禅宗形成的初期，江南地区就成了禅学传播的重镇。中唐以后，六祖慧能得法南归传教，故而南宗的各宗各派纷纷在长江流域一带传播。慧能的著名弟子南岳怀让、青原形思、荷泽神会、南阳慧忠、永嘉玄觉等成为禅宗主流。其中又以南岳、青原两家弘法最力。总之，南宗的主要活动地就在长江流域一带，在长江文化发展中居于重要地位。
长江流域又是道教创教、传播的重要地方。无论是长江上游地区，还是中下游地区，均是最早传播道教的地方。从魏晋南北朝始，长江流域一带涌现出许多重要的道教教派和道教人物。同时，在江南一带形成了许多道教名山。如江苏的茅山，是道教的第八洞天、第一福地和第三十二小洞天。茅山是道教茅山派的发源地，许多著名道士如杨羲、葛洪、陶弘景、吴筠等均在此修炼。四川的青城山，为道教的第五洞天，张陵在此传五斗米道，其子张衡、孙张鲁均嗣法于此，山上保留有大量道教古迹。湖南衡山，是道教的第三小洞天，建有黄庭观、上清宫、降真观等道教宫观，亦有著名道士魏华存、徐灵期、司马承祯修炼于此。湖北武当山，为道教的七十二福地之一，亦是道派传教的重镇，有许多著名道士如吕洞宾、陈抟等修炼于此。另外还有江西龙虎山、安徽的齐云山等，均为道教的名山。
可见，佛、道二教在长江流域有着广泛而深入的传播。由于佛教寺庙、道教宫观林立于名山之中，而早期的书院也创设于名山，所以深受佛道二教的影响，佛道的宗教理论、修养方法也影响了理学学术及书院教学。故而，长江流域佛道的盛行，是书院繁荣的重要条件。
