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由此可见，书院不但具有与官学类似的经费保障体制，有类似于私学的灵活办学机制，而且还有官学、私学都不具备的相对自由的办学空间和宽松的学术环境，使得书院师生不仅可以自由讲学，而且能够潜心创新学术，取得了程朱新儒学、明代王湛心学和乾嘉汉学、清代实学等重大创新成果。
书院改制之后，胡适先生曾经感慨地说:“书院之废，实在是吾中国一大不幸事。一千年来学者自动的研究精神，将不复现于今日。”（胡适.书院制史略.东方杂志，1924，21（3）.）
2� 学术大师主讲。学术学派的产生、发展及其影响力的大小不但取决于学术本身的价值，还取决于学术学派创始人、学术中坚及学术信奉者个人的影响力，学术大师对学术学派的影响是至关重要的。如前所述，相对独立的管理体制使书院不仅能聘请学术大师担任书院的山长或主讲，也可以延聘不同学派的学术大师前来讲学，或者通过会讲形成相互答疑问难的学术讨论盛况。
朱熹是南宋新儒学的集大成者，他创建、修复和支援多所书院发展，并积极讲学于书院。朱熹一生创建寒泉精舍、云谷书院、武夷精舍、同文书院和考亭书院等五所书院，还利用到各地为官的机会修复影响较大的书院，并讲学其中。据统计，朱熹以在任官员的身份修复了3所书院，而在其讲学的21所书院中，有8所是以在任官吏的身份去讲学的。此外，南宋学术大师张栻、陆九渊、吕祖谦，明代的心学大师王阳明、湛若水，清代的汉学大师惠栋、卢文弨、钱大昕、王鸣盛等人都在相当长的时间内讲学于书院。
这些学术大师将书院视为学术创新的基地，他们的重要学术研究成果不少是在书院完成的。朱熹的一生大部分是在书院度过的，其学术成果应该大多是在书院取得的。南宋乾道三年(1167年)农历八月，朱熹携弟子从福建到湖南岳麓书院讲学，与当时湖湘学派的代表人物张栻讨论学问。他们讨论的问题主要集中在中庸之义和“太极”这两个宋代新儒家注意研究的问题上。这次讲学对朱熹的学术体系建构产生了极大的影响，他自己曾多次指出:“去冬走湖湘，讲论之益不少。”（朱熹.答程允夫.朱熹集，卷四十一.成都:四川教育出版社，1996：1920—1921.）
不少书院为提升学术创新水平，争相延聘学术造诣高深的大师担任主讲和山长。如汉学大师陈祖范深入研究儒家原典，取得了丰硕的成果。正是由于他在学术研究上著作等身，加之训导有方，苏州紫阳、徐州云龙、安庆敬敷、扬州安定等书院都竞相延聘他担任山长。其他不少声名煊赫的汉学家也在多所书院讲学，以书院教学为终身职业者也不乏其人。吴派大师钱大昕晚年以书院教学为生，先后主讲书院达23年之久，其中主讲苏州紫阳书院16年，并老死于书院之中。当时，不仅地方大员竞相聘请学术造诣高深的乾嘉学者执掌书院，连有的私人创办的书院亦竭力聘请乾嘉学者担任山长，如江苏洋川由商贾谭子文创建的毓文书院，即延聘汉学大师洪亮吉担任山长3年（吕培.洪北江先生年谱.新编中国名人年谱集成，14缉.）
书院学术创新成果与教学活动相结合，不但为教学活动提供了丰富的资源，也极大地推动了学术创新，而且是学术学派形成的重要途径。长期执掌江宁钟山书院的著名汉学家卢文弨在书院教学过程中，通过让生徒参与校勘工作来提高汉学研究水平，这样不仅能加快学术研究的速度，而且能培养生徒的校勘水平。严元照说:“抱经先生嗜古好书，每观罕见之本，辄课生徒分抄。抄竣，亲以朱笔校勘，所抄之书，卷以百计。”（柳诒徵.卢抱经年谱.南京：中央大学国学图书馆第一年刊，1928：48.）除了让生徒直接参加学术研究活动，书院教学的重要方式——答疑问难也是学术创新与教学结合的典范。朱熹在《白鹿书院揭示》中明确规定了“慎思”，这一方法在书院教学中被普遍采用，学术大师们的语录、文集中有大量的书院师生答疑问难的记录，这些记录是书院大师学术成果的重要组成部分（参见李兵.书院与科举关系研究，第七章.武汉:华中师范大学出版社，2005.）
3� 社会教化精神。在中国传统政治体制中，社会教化是历代文教政策的重要组成部分，也是各级地方官吏任职时期的重要工作。然而，官方的社会教化途径却是相当有限的，私学等传播途径所能发挥的作用又相当微弱。书院的出现却使得传统中国的社会教化局面发生了显著变化，书院成为以文化传播与普及为核心的服务社会的重要机构。
首先，书院实行开放式办学。如前所述，由于书院不属于国家教育体制，其创立、修复和废止的自主性相对较大，官吏、学者、乡绅、商人或士人都可以根据自己的需要设立书院，延师授徒讲学。正因为如此，在宋代以来的绝大多数时期，书院数量都是多于县学、府学和州学的。清代新创建的书院达3757所，修复前代书院608所，两项共计为4365所（白新良.中国古代书院发展史.天津大学出版社，1995：271.）书院不仅数量远远超过官学，而且还遍布在全国各地的乡村，成为传播文化的重要基地。
书院不仅在创设方面有相当大的自由度，而且在传授对象方面也是极为开放的。书院招收生徒虽然有严格的名额限制，即由书院资助或者部分资助的生徒数量也是相当有限的，朱熹复兴白鹿洞书院时，在给朝廷的奏折中说:“始议即其故基，度为小屋二十余间，教养生徒一二十人。”毛琦德.乞赐白鹿洞书院敕额.白鹿洞书院志，卷二十一.转引自白鹿洞书院古志五种：1058.朱熹重振岳麓书院时，正式生徒的名额也只有四十名。然而，招生名额并不能真实反映接受书院教育者的数量，书院还面向更加广泛的社会群众，实行开放式的办学。
这种办学方式一是书院打破了官学限制生徒异地入学的规定，可以自由择师而从学，其生徒的来源较北宋时期更为广泛。如朱熹创办的武夷精舍建成以后招收的70名门人中，除10人里籍不详之外，不属于福建省籍贯的有24人，占有明确籍贯记载的60人中的40%（方彦寿.朱熹书院门人考.华东师范大学出版社，2000：90—132.）张栻主教岳麓书院时，除2人里籍不详之外，31人中有20人来自湖南之外的地区宋元学案，卷七十一.岳麓诸儒学案.。二是书院不限制院外的士人来书院听讲，凡是有志于学问者，都可以进入书院听大师讲学。关于这方面的记载甚多，如陆九渊讲学于象山书院5年，人称四方士子访问者达千人之多。这正好反映了书院的办学宗旨——向广大士子开放，以满足其“道问学”的需要，从而达到传播和普及文化的目的。
其次，书院教化的方式。与书院通过日常教学活动教授生徒不同，书院的社会教化往往是通过自身的学术活动与服务社会的方式来实现的。书院交流学术的重要方式就是会讲，明代将会讲制度化，形成了比较完善的讲会制度，并在各地出现了相当多的讲会，使之成为学术传播与社会教化的重要途径。王阳明去世之后，王门弟子为传播其学术，成立了水西会、同善会、君山会等讲会。为能达到传播和普及文化的目的，讲会几乎直接对所有的社会成员开放，可以说是来者不拒。如虞山书院规定:“虞山会讲，来者一不拒，凡我百姓，年齿高者与年少而知义理者，无分乡约公正粮里市井农夫，无分僧道游人，无分本境他方，但愿听讲，许先一日或本日早报名会簿。”耿橘.书院.会簿.孙慎行等.虞山书院志，卷四.明万历年间刊本.社会的各阶层都积极参加讲会，不少讲会的人数多达数百乃至上千人。对听讲者开放的程度越高，社会教化的效果就越好。
