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满族贵族入主中原之后，虽然在文教方面加强了控制，但自康熙年间开始，学者们可以自由创建书院。在地方官吏和士绅的支持下，乾嘉学派学者创建了多所书院，汉学家阮元利用担任地方大员的便利条件，创建了专门研究与传播汉学的书院——诂经精舍和学海堂，将其作为研究与传播汉学的基地，邀请多位汉学家前往讲学与驻院研究。
（二） 独立的办学理念
唐宋以来，中国古代的官方教育机构基本上都不开展学术研究，为科举储才是其主要职能。著名学者傅斯年先生曾经说过：“国子监只是一个官僚养成所，在宋朝里边颇有些学术，在近代则全是人的制造，不关学术了。书院好得多，其中有自由讲学的机会，有作些专门学问的可能，其设置之制尤其与欧洲当年的书院相似，今牛津圜桥各学院尚是当年此项书院之遗留。”（傅斯年.改革高等教育中的几个问题.转引自杨东平.大学精神.北京：文汇出版社，2003：21.）可见，官方教育机构的办学理念即是为科举服务。而书院的办学理念则表现出独立性，书院强调通过研究与传播儒家学术，让士人能更加全面地认识“道”，最终实现把握领悟最高哲学本体的目的，即所谓的“讲学明道”。
确立这样的办学理念是与宋代理学家的学术理想息息相关的。在他们看来，士人可以通过“道问学”的方式实现自身道德的提升，从而达到把握终极真理的境界。这样，对“理”这一中国哲学最高范畴的探索，就从自然领域转向个人内在的道德伦理修养上来了，培养个人的心性修养和道德自觉成为儒家的共识，追求“为己之学”成为把握终极真理的关键，在此基础上，士人才有可能实现“齐家”、“治国”、“平天下”。而“道问学”的前提是更全面地诠释和理解儒家经典，将其作为提升自己道德修养的重要途径。由于宋代理学家大多依靠书院来研究和传播其学术，因此他们的这种学术理想也在创办书院或在书院讲学的过程中，转化为书院的办学理念。
为践履这一办学理念，理学家们基本上都将学术研究与传播作为其书院活动的主要内容。朱熹为白鹿洞书院制定的《白鹿书院揭示》明确提出：“熹窃观古昔圣贤所以教人为学之意，莫非使之讲明义理以修其身，然后推以及人……圣贤所以教人之法具存于经，有志之士，固当熟读深思而问辨之，苟知其理之当然，而责其身以必然，则夫规矩禁防之具，岂待他人设之而后有所持循哉!”（朱熹.朱熹集，卷七十四.白鹿书院揭示.成都：四川教育出版社，1996：3894.）这一学规强调了讲明义理是教学的首要任务，而义理是蕴含在儒家经典之中的，需要书院学者通过潜心研究才能体悟到。这一学规此后成为多数书院遵循的办学准则，只是不同书院根据实际情况补充一些大同小异的条目而已。
（三） 管理与运转的独立性
由于书院不属于官方教育体系，有独立自主的办学理念，因此它在教学内容的选择、教学方式与方法的运用、内部管理体制等方面都表现出独立性。
教学内容的选择与书院所尊奉的学术流派、山长的教育思想密切相关。在中国书院史上，能较好地体现书院教学内容与活动的史料是程端礼所著的《程氏家塾读书分年日程》。它将生徒学习分为“八岁未入学之前”、“自八岁入学之后”和“自十五志学之年”三个阶段，每一阶段都规定了必读之书和读书的次序。八岁未入学之前，要求生徒读《性理字训》。八岁入学之后，用六七年的时间学习四书、五经的正文。十五岁以后的学习内容是以儒家经典的经注、或问及本经传注为主，如朱熹的《四书集注》等。程氏要求生徒自十五岁开始，用三四年的时间来潜心学习，以掌握真正的“为己之实学”，不能抱有丝毫的功利目的。在此基础上，生徒可以看史读文，其次序是先读《通鉴》，“次读韩文，次读离骚”（程端礼.程氏家塾读书分年日程，卷二.合肥：黄山出版社，1992：67.）然后开始学作时文。从《程氏家塾读书分年日程》规定来看，书院的教学内容是十分全面的，与官方以科举应试知识为主体的教学内容有显著的差异。
