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而理学家正是身兼“学者—官僚”双重身份的士大夫。当他们从事儒学创新、自由讲学的学术教育活动时，他们是十分地道的学者，自觉承担起文化创造与传播的使命；而当他们积极参与政治、决心与君主“共定国是”时，他们又是朝廷官员。这种双重身份又导致他们创办的书院与现实政治矛盾有了密切的联系。庆元年间(1195—1200)，理学家因卷入统治集团内部的权力斗争而受到打击，理学在一夜之间成为“伪学”而受到禁抑，这就是历史上著名的“庆元党禁”。这时，由理学家创办、主持的书院的发展也因此受到很大的阻碍。嘉定年间(1208—1224)以后，党禁既除，理学的积极作用很快受到朝廷的肯定，理学家纷纷进入到政治权力的核心。宋理宗时期，理学开始得到官方推崇。这时，与理学合为一体的书院也得到了快速的发展，不仅原有书院继续扩展办学，各地又纷纷创建了一批新的书院。据统计，理宗时期新建置的书院达100多所，占南宋时期全部书院的2/3以上。宋理宗本人还通过颁书赐额、委任山长以及学官的方式褒奖、支持书院。北宋时期能得到朝廷赐书赐额的书院只有少数几所，而理宗时期却达20所之多，这反映了朝廷对士大夫所办书院的重视，也体现了南宋时期书院办学的迅速发展。
唐代后期出现书院萌芽，到了北宋初年，兴办书院成为一股潮流，出现了许多闻名全国的书院。到了南宋，书院更成为一种重要的文化教育机构，历经元、明、清各个朝代而不辍。书院为什么能够成为宋代最具文化教育创新能力的机构？我们认为这是因为书院在很大程度上满足了士大夫文化创新的需要。
春秋时期，孔子于官学之外别创私学讲学，打破了“学在官府”的格局。以后，私学系统一直绵延不绝，在文化领域中发挥着重要的历史作用。中国古代教育一直存在着官学和私学两大系统，由于私学系统能够在一定程度上体现自由讲学的精神，因而能和社会上新兴的学术思潮、文化思潮保持密切的联系。如汉代的儒家学者为了研究、传播儒家经学，就创立了“精舍”这种私学教育机构。唐宋以后，士大夫们胸怀重振儒学的文化使命，抵制佛、道两家的思想，倡导复兴儒学、创立理学，这一文化思潮的发展需要借助私学教育机构，而初步形成的书院正适应了这种文化思想发展的需要。所以，在唐末萌芽的书院，到了两宋理学大兴的时候，也勃然发展起来。书院保持了传统私学自由讲学的特色，满足了新兴学术思潮的发展的需要。理学家们需要这样一种能够从事学术创新的研究基地；他们那一套独特的教育理念更要借助于书院实施。由于官学限制了其文化创新的功能，新儒家学者于官学之外别建书院，标榜新的教育宗旨，以补充官学教育的不足。如朱熹明确声称其另建书院是为了讲学传道，而不是为了科举考试。他说：“前人建书院，本以待四方友士，相与讲学，非止为科举计。”朱子语类，卷一六.由于上述原因，使得唐宋之际书院能够产生，并发展成为宋代一种重要的文化教育机构，在中国教育史、学术史上发挥了重要的历史作用。
三、 元、明书院与士大夫精神的内在矛盾
元、明两代，书院又有进一步的发展。由于元代书院的演变和明代书院的学术更新，使得元明时期的书院体现出士大夫文化精神的二重性矛盾。
首先来看元代。元代是书院建设的繁荣时期，历史上早有“书院之设，莫盛于元”的说法。之所以如此，首先是由于元代官方对书院的扶置政策。元统一全国后，为了利用汉族较先进的文化教育，也为了缓和知识分子的反抗情绪，十分重视文化教育，推崇程朱理学和书院教育，故而促进了元代官办书院的繁荣。另一方面，元代书院作为一种私学组织，仍然依赖于民间力量得以保存与发展。元代统一后，很多儒家学者不愿在朝中做官或在官学任教，便退居山林，建立书院，自由讲学。应该说在发达的元代书院中，那种官学化书院在数量、规模上占主要地位。而且，为了达到改造书院的目的，元政府往往采取委派山长或给山长授予官衔的方式，以掌握书院的领导权。书院的教授、学正、学录、直学等职务的任命、提升被要求由官府批准。元政府不仅控制书院的教师，也控制书院的学生。凡在书院肄业的学生，需经地方官吏举荐、经监察机关考核。据《元史》载：“自京学及州县学以及书院，凡生徒之肄业于是者，守令举荐之、台宪考核之，或用为教官，或取为吏属，往往人才辈出矣。”（元史·选举志.）元官方的政策，不仅使得大量官办书院成为官学体制中的一个组成部分，亦使得大量私办书院朝着官学化方向转化。
元代官方对书院的态度，鼓励了具有强烈入仕愿望的士大夫们，他们积极参与当世的社会政治活动，并声称“不如此则道不行”。特别是由于程朱理学在元代受到官方的推崇，朱熹的《四书集注》成为一切学校教学的法定教材，科举考试也唯朱注是准。这样，理学和书院在相互促进中得到发展，元代书院因理学地位的提高而得到更大的发展，理学又因元代书院的发展得到更加广泛的传播，最终满足了元代儒家士大夫身兼“学者—官僚”双重身份的价值需求。
元代政权从定都到灭亡，前后不足百年时间，而在书院建设方面却得到了充分的发展。但是，元政府对书院的利用和改造，使得书院官学化了。由于书院的独特价值在于它是实行自由讲学的文化教育组织，而元代书院官学化则在很大程度上削弱了学术创新、教育变革的性质和特色，其结果就是官学的种种弊端亦在书院中逐步出现，如为教者敷衍塞责，为学者追求功名利禄，学术氛围淡薄，教学内容僵化。所以，尽管元代书院在数量上得到了很大的发展，但是在质量上却远远不及南宋。
明初统治者也很推崇程朱理学，重视文化教育，但他们并不喜欢书院，而是把教育的重点放在发展、完善各级官学上。所以在明初洪武(1368—1398)至成化(1465—1487)的近一百年间，官学得到了极大的发展，相反，书院却处于沉寂状态。但是，书院作为士大夫追求文化创新的教育机构，有自己独特的价值和作用，是官学所不能取代的。当官学成为科举的附庸而“士风日陋”之时，一批倡导学术文化创新的士大夫便纷纷创办、复兴书院，利用书院培养人才。所以在明成化年间以后，不仅那些具有久远讲学传统的著名书院，如白鹿洞书院、岳麓书院、石鼓书院等相继复兴，还创办了许多新的书院。特别是正德年间(1506—1521)王守仁、湛若水心学思潮兴起以后，明代书院真的振兴起来了。
明代初期，程朱理学在意识形态领域中仍占据统治地位，并已成为一种思想内容逐渐僵化的官方哲学，各级学校所传习的理学，不过是一种应付科举取士的章句之学。为挽救这种思想僵化、学术空疏、道德虚伪的弊端，王守仁、湛若水提出一套以“心”为本的学术宗旨，以图达到“明学术、变士风，以成天下治”的目的。王学的兴起，形成了一股影响巨大的学术思潮。尤其重要的是，他们在研究、传播自己的学说时，主要借助于书院。所以，在王学兴起后，书院也繁荣起来。推动明代书院兴盛的首要人物是王守仁。王守仁，字伯安，号阳明。他是中国古代重要的思想家，以“致良知”为学术宗旨。正德三年(1509年)王被贬到贵州龙场，开始创办龙冈书院，并主持贵阳书院，以后，又在江西修复濂溪书院，在会稽建立会稽书院，江南士子纷纷从学。王逝世以后，其门人更是大量创办书院讲学。有人称：“自武宗朝王新建(王守仁被封为新建伯，故称王新建)以良知之学行江浙两广间，而罗念庵(洪先)、唐荆川(顺之)诸公继之，于是东南景附，书院顿盛。”（野获篇·畿辅.）另一位重要人物湛若水也对明代书院的兴盛起了重要的推动作用。湛若水，字元明，号甘泉，是著名学者陈白沙的学生。和王学一样，湛学也主张以心为本，但又自标宗旨，主张“随处体认天理”。他在40岁以后的50多年内，无日不授徒讲学。他在广东西樵建有云谷书院、大科书院，在广州有天关书院，在增城有明诚书院、龙潭书院、独冈书院、莲洞书院。以至于《明儒学案》称他“平生足迹所至，必建书院以祀白沙，从游者殆遍天下”。王、湛及其弟子的历史功绩不仅仅在于建立了一大批书院，更重要的是他们恢复了书院自由讲学的精神，使书院成为最重要的学术基地。这段时期内，书院的讲会组织、讲会活动特别盛行，不同学派、不同观点的人通过讲会的形式、展开争辩、论战，促进了学术的发展。
