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二、 早饭后，编类文字或聚会讲贯。
三、 午后本经、论策，轮日自为常程。
四、 晚读《通鉴纲目》，须每日为课程，记其所读起止。前书皆然。
五、 每日三课，上旬本经，中旬论，下旬策。课册待索上看，佳者供赏。（徐元杰.楳婪集，卷十一.延平郡学及书院诸学榜.）
这是古代书院一个较早的正式课程表，它对书院每日、每月的课程都有详细的规定。可以发现，这些规定完全贯彻了理学的教育宗旨和教育思想，体现了理学思想向书院制度的渗透。
北宋书院并无专门的课程，南宋书院制定了专门的课程，是理学教育思想渗透的结果，这些课程本身即鲜明地体现了理学思想，并对元、明、清各朝的书院课程产生了深远的历史影响。元代理学家程端礼所拟定的著名的《程氏家塾读书分年日程》，就明显继承了南宋书院的课程。
2� 祭祀制度
古代学校有祭祀先圣、先师的传统，如唐代州、县学都与孔庙相连，即是为了祭祀先圣、先师。祭祀也是中国古代书院的三大规制之一，体现了书院作为一种制度化私学的特点。但是，书院祭祀和历史上各种官学的祭祀又有显著不同，其他官学主要祭祀孔子，而书院则要祭祀与书院的学统、创办有关的先贤。因而，书院的祭祀制度，主要是为了达到推崇学术传统、表彰书院办学等目的。古代书院所以形成上述祭祀的特点和功能，亦是理学思潮影响的结果。
北宋时期的书院曾效仿官学，建有孔庙或礼殿之类，以祭祀孔子，但并未形成书院祭祀的特色。至于书院形成祭祀理学家、祭祀本学派的理学大师的特点，是在理学渗透到书院以后。朱熹在福建创建竹林精舍后，不仅带领生徒释祭先圣知师孔子，还专门建祠祭祀北宋以来的著名理学家，包括周敦颐、二程、邵雍、司马光、罗从彦、李侗“七先生”。这种祭祀，正是按照朱熹学派所宣扬的“道统”系列而安排的：一方面肯定周、程等上接孔孟的“道统”、“心传”，确立理学的正宗地位；另一方面又通过对罗、李的祭祀推崇本学派的先师，以标榜本学派对道统的继承。朱熹去世后，其学生又专门祭祀朱熹于竹林精舍的祠堂内。黄榦主持竹林精舍时，总要定期祭祀本师朱熹，据其所作《竹林精舍祠堂》载：“嘉定丙子仲秋上丁之翌日，同舍诸贤会于先师（指朱熹）之祠下，祀事毕，俾榦讲明先师教人之意。”勉斋集，卷一.可见，竹林精舍已成为朱熹学派的学术基地，朱子学已成为主要学统，而该书院专门建有祭祀朱熹的祠堂，则比较典型地体现出这种标榜道统、推崇学派的祭祀特色。
朱熹学派是这样，其他重要的学派和书院也是如此。陆九渊在江西创建了象山精舍和槐堂书屋，它们成为陆学学派基地。他逝世后，其弟子们遂在这些书院创专祠祭祀，定期祭祀陆九渊，通过祭祀活动，标榜本学派的学术宗旨和本书院的学术传统。象山学派大弟子袁燮在书院祭祀时所作的《祭陆象山先生文》云：
先生之学，得诸孟子。我之本心，光明如此。未识本心，如云翳日。既识本心，元无一物。先生立言，本末具备。不堕一偏，万物无蔽。书院肇建，躬致一奠。可见可闻，非闻非见。蒙斋集，卷十七.
可见，陆门弟子对先师的祭奠，一方面是要更明确本学派“先识本心”的学术宗旨，另一方面则是要标榜、弘扬本学院的学术传统。嘉定年间，象山精舍迁建并改名象山书院，专门建有“三先生祠”，祭祀陆九渊及其大弟子杨简、袁燮。这一类祭祀体现了书院制度的特色，它在官学中是不可能产生的。
3� 学规建设
重视学规建设，也是书院作为一种制度化私学的突出表现。书院学规的内容，一般要包括书院教育的培养目标、课程设置、教学或读书方法、行为准则等。这一类学规的出现，对书院的正规化、组织化教学产生了积极的作用。历代书院的主持者，都十分重视学规建设。
书院重视学规建设，也是受理学影响的结果。现存最早、影响最大的学规，就是吕祖谦的《丽泽堂学约》和朱熹制定的《白鹿洞书院揭示》，它们对后世书院的学规建设产生了深远的历史影响。
淳熙六年(1179年)，理学家朱熹复兴白鹿洞书院，为了贯彻他的教学方针和指导思想，他特意制定了《白鹿洞书院揭示》。朱熹在《揭示》中阐明了理学教育的宗旨，明确把讲明义理、道德修身的理学教育思想作为书院的教育宗旨。所以，朱熹在《揭示》中对书院生徒这样规定：
父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信。右五教之目，尧舜使契为司徒，敬敷五教，即此是也。学者，学此而已。而其所以学之之序，亦有五焉，其列如左：
博学之，审问之，谨思之，明辨之，笃行之。右为学之序。学、问、思、辨四者，所以穷理也。若夫笃行之事，则自修身以至于处事、接物，亦各有要，其列如左：
言忠信，行笃敬；惩忿窒欲，迁善改过。右修身之要。
正其义，不谋其利；明其道，不计其功。右处事之要。
己所不欲，勿施于人。行有不得，反求诸己。右接物之要。朱文公文集，卷七十四.
在朱熹所制定的这个学规中，对书院的教育方针和有关为学、修身、处事、接物之要等方面均作了详细规定，充分体现理学教育思想重视道德修身的特点，反映了理学家以人伦为本的教育宗旨。朱熹要求白鹿洞书院“诸君相与讲明遵守，而责之于身”，自觉服从学规的要求。事实上，随着程朱理学正宗地位的确立，《白鹿洞书院揭示》被其他书院普遍采用，成了一个对全国各地、宋元明清各代都有深远影响的学规，反映出理学对书院学规建设的深远历史影响。
南宋时期，除了朱熹的《白鹿洞书院揭示》外，另一位理学家吕祖谦为丽泽书院所制定的学规亦很重要，而且它制定的时间是在乾道年间，比《白鹿洞书院揭示》要早。吕祖谦在书院教育实践中，为了贯彻其理学教育的宗旨，于乾道四年(1168年)制定了把人的道德教育置于首位的《丽泽堂学约》，他要求：
凡预此集者，以孝、悌、忠、信为本。其不顺于父母，不友于兄弟，不睦于宗族，不诚于朋友，言行相反，文过饰非者，不在此位。既预集而或犯，同志者规之；规之不可，责之；责之不可，告于众而共勉之；终不悛者，除其籍。东莱别集，卷五.家范五·学规“乾道四年九月规约”.
次年，他在修改、补充该学约时，进一步提出“凡预此学者，以讲求经旨，明理躬行为本”。（东莱别集，卷五.家范五·学规“乾道五年规约”.）吕祖谦在这份学约中对书院生徒的规定和要求，充分体现了理学教育所讲求的“明理躬行”的教育特色。
南宋时期的书院学规虽不多见，但是它们出现得早，对后世的影响大，并体现了书院教育的制度化、规范化特色，故而在书院史上居于重要地位。可见，书院的学规建设所反映的南宋理学思潮对书院制度的影响还是很深远的。
3� 书院的藏书与刻书
