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宋朝理学思潮兴盛，这时也是书院的繁荣时期。其所以如此，与理学家们利用书院作为研究、传播理学的学术基地有关。北宋时期，已有一些理学家创办书院讲学，如周敦颐在江西庐山建濂溪书堂、程颐在河南伊川建伊皋书院(后名伊川书院)，开始了以书院为研究理学的基地。在南宋时期，著名理学家相继涌现，名师鸿儒辈出，许多在中国思想史上十分重要的理学学派都已形成，各学派之间、理学家之间展开了讨论、辩难等各种学术活动，这一切，都与书院有着密切的联系。理学家们纷纷创建书院并进行讲学，南宋的理学学派主要是以书院为学术、教育基地而形成的，他们之间的许多重要的学术活动都是在书院内进行的。
明中叶以后，王守仁、湛若水的心学思潮兴起，他们再次利用书院作为心学思潮的学术基地。王守仁于正德三年(1508年)被贬到贵州时形成他的心学思想，同时创办龙冈书院讲学；次年他又在贵阳书院传播自己的学说。后来，他还在江西修濂溪书院，在会稽建稽山书院，全国各地尤其是江南士子纷纷从学，一时竟“流风所被，倾动朝野”。王守仁死后，其弟子更是纷纷创建书院，联立讲会，把书院建设推向高潮。湛若水的书院教育活动亦很活跃，他在40岁以后的50多年间，几乎无日不讲学、无日不授徒。史称其“平生足迹所在，必建书院以祀白沙，从游者殆遍天下”。王守仁、湛若水及其弟子通过创办书院传学，推动了明代书院的繁荣。王、湛讲学最盛的嘉靖年间，亦是整个明代创建书院的顶峰时期，统治者禁毁书院的政策也没能抑制书院的发展。同样，蓬勃兴起的书院亦推动了心学思潮的发展，阳明心学能够在全国各地广泛传播，王门弟子遍布江西、福建、浙江、湖南、广东、安徽、河南、山东、江苏等地，亦完全是借助于书院讲学。
明清之际，为纠正王学空谈心性、误国误民之弊，学术界兴起了一股崇实的学术思潮，学者们以崇实黜虚为宗旨，强调实事求是、经世致用。实学思潮中的著名思想家仍是充分利用书院为学术基地。其中最著名的，就是东林学派的东林书院、颜李学派的漳南书院，明万历年间，顾宪成、高攀龙于无锡建东林书院，标榜务实的学风，在学术界产生很大的影响。据《明史·高攀龙传》载：“初，海内学者率守王守仁，攀龙心非之，与顾宪成同讲学东林书院，以静为主，操履笃实，粹然一出于正，为一时儒者为宗。”东林书院要求学生要关心国家大事，积极参与国家的政治活动，书院有一幅著名的对联，云：
风声、雨声、读书声，声声入耳
家事、国事、天下事，事事关心
所以，顾、高不仅以东林书院为基地而形成了东林学派，而且还形成了一个被称为东林党的政治集团。颜元是清初的一名学术大师，他提倡实学，重视“习行”，反对空论心性，他在家乡河北博野创建了漳南书院，分“文事”、“武备”、“经史”、“艺能”，将各种经世致用之学的内容均纳入教学。明清之际还有许多倡导实学的思想家都利用书院讲学，在书院从事学术研究。
清代乾嘉时期，注重经史考据的汉学思潮大兴。这一学术思潮在整理、研究祖国的文献资料方面有重要的贡献。他们还由治经发展出一系列专门学科，诸如小学、史学、天算、地理、音韵、金石、校勘等。汉学思潮兴起时，也往往利用书院作为学术研究的基地。著名汉学家段玉裁主讲山西寿阳书院；号称“博极群书”、“无经不通”的钱大听主讲钟山、娄东、紫阳书院四年；兼治汉、宋之学的姚鼐也曾主讲梅花、紫阳、敬敷、钟山书院共40年。其中汉学家创办的书院中最著名的是阮元创办的诂经精舍和学海堂。诂经精舍在浙江杭州西湖孤山上，清嘉庆五年(1800年)所建，这个名称就体现着创办者的学术宗旨，即“精舍者，汉学生徒所居之名；诂经者，不忘旧业，且勖新知也”。由阮元、王昶、孙星衍、陈寿祺等主讲，传习、研究经史、辞赋以及天文、地理、算法、兵刑等学问，并组织学生校刊《十三经注疏》等，在汉学研究上取得重要成果。道光元年(1821年)，阮元又于广州城北粤秀山下创学海堂，专以古经考试学生，并重视汉学研究，搜辑清代经师注疏，刊《学海堂经解》180种、1400卷。嘉庆以来，诂经精舍、学海堂成为国内汉学研究的重要学术基地，既培养了大量汉学研究的人才，又涌现出大量汉学学术研究成果。
宋以后，中国学术史上先后涌现出理学思潮、心学思潮、实学思潮、汉学思潮，这些思潮均和书院有着不可分割的内在关系。各种思潮、各派学术大师均以书院为基地从事学术研究，使书院成为各种学术思潮、学术派别的大本营，从而推动着中国古代文化的创新与发展。
书院的学术精神，主要是通过下列形式实施学术研究活动的，书院的学术精神亦体现在下列学术研究实践中。
1� 潜心著述
著述是学术研究成果的标志。学者们在书院讲学期间，往往是他们著述最丰富的时期。首先，书院导师为了给生徒讲学，总要集自己的研究心得而编写讲义、讲稿，这些讲义在后来成为重要的理学著作。以南宋理学家为例，张栻在主教岳麓书院期间，撰写了《论语解》、《孟子说》作为书院讲学的讲义，这两部讲义后来成了他的代表作。朱熹在福建创办精舍讲学时，更是撰写了大量著作，其中许多也是作为书院讲义，他后来在白鹿洞书院讲学时还留下了《白鹿洞书堂讲义》。他的代表作《四书集注》就是书院教学的主要讲义。吕祖谦创办丽泽书院时，编写了许多讲稿、讲义，如《丽泽论说》、《丽泽讲义》，在当时及后来均有影响。其代表作《东莱左氏博议》25卷，阐发了自己的学术思想，它也是书院的重要教材，并作为书院学生习作的范文。
其次，书院导师讲学时的记录，亦成为理学的代表作。宋明以来，理学家们都喜欢在书院讲道论学，其弟子将这些记录下来，就成了“语录”之类的著作，宋明理学家盛行“语录”之类的体裁与此相关。这种自由讲道论学的形式，能引导师生双方深入地思考问题，更可以全面地反映导师们的学术思想，所以，朱熹的《朱子语类》、陆九渊的《语录》、张栻的《南轩答问》、王阳明的《传习录》和《大学问》、王艮的《心斋语录》、罗汝芳的《近溪语录》、王栋的《一庵语录》，均是理学史上十分重要的学术著作。
其三，书院大多选建于山青水秀的僻静之所，为理学家们的治学提供了良好的环境和图书资料条件，他们在讲学之余，潜心研究学问，撰写学术著作，所以在书院讲学时他们的著述特别多。这些著作虽不直接是讲义，但导师们亦将它们传授给学生。南宋初年理学家胡安国于南岳碧泉书堂讲学期间，完成了其代表作《春秋传》，并和书院的弟子讲述《春秋传》中的学术思想。胡宏继承父志，继续讲学碧泉书院，他的代表作《知言》六卷，就是在书院讲学时完成的。清代许多著名的汉学家主讲书院时，利用这里的资料、时间方面的条件，撰写了大量著作。钱大昕是一位“无经不通”的汉学家，并主讲过钟山、娄东、紫阳几所书院，同时完成了许多著作，他的《二十二史考异》就是在江宁钟山书院任山长时完成的。刘熙载也是清代的一位重要学者，曾主讲上海龙门书院14年，撰述、校刊了大量著作，如《四音定切》、《说文双声》、《艺概》、《昨非集》等。
其四，学生撰述的论文、著作。书院不仅仅是导师从事学术研究，学生也能在导师的指导下，从事学术论文、著作的撰写。南宋时期，理学大师朱熹、吕祖谦、张栻、陆九渊的许多弟子均能撰写著作，并能提出自己独特的学术观点。在清代，书院盛行考课制度，由于学术大师十分重视考课的学术价值，因而许多考课试卷本身就是水平很高的学术论文。导师把这些有学术价值的论文编成文集，刊刻出版，就成了学术著作，如阮元编辑的《诂经精舍文集》、《学海堂集》就是这种优秀的论文集。这些文集的内容包括经史、天文、地理、算学等各个方面，以后，它们的作者中许多均成为学术名家。
2� 学术论辩
学术论辩是书院重要的学术研究形式，学术论辩的状况、水平，是学术思潮发展程度的重要标志。
书院的学术论辩有多种形式，这里主要介绍两种。
第一种，理学大师之间的学术讲座，也就是前面论及的会讲。理学家们在书院讲学期间，或者是相互之间邀请访学讲学；或者是由于学术观点的分歧，彼此都感到有讨论辨析的需要，往往会举行会讲。会讲过程中，学者双方会就某些重要问题阐述自己的学术观点并展开辩论，辩论的结果可能是趋于一致，亦可能是各执己见，这都是学术讨论的正常现象。南宋乾道三年(1167年)，张栻和朱熹会讲于岳麓书院，双方本来在中和说、太极说、知行说、仁说等方面有较大分歧，经过一个多月的辩论后，在许多主要观点上渐趋一致。所以朱熹感叹道：“相与讲明其所未闻，日有学问之益，至幸至幸!”淳熙二年(1175年)，朱熹、陆九渊、吕祖谦等学者会讲于江西铅山鹅湖寺，三家就“为学之方”展开讨论，朱、陆学术宗旨各异，争论十分激烈。由于双方各执己见，不欢而散。这两次著名的会讲结果不同，但在理学史上均有重大影响，对推动理学研究的深入、理学思潮的发展均有重要的作用。
