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后期并发症也是一个巨大的难题。举个例子，外科医生们逐渐发现肺栓塞和下肢血栓的发生率高得惊人，这可能是因为肢体损伤非常严重，而且伤员此前经过长途运输造成的。数据显示，送到沃尔特·里德军事医疗中心的伤员中，有5%出现肺栓塞，其中两人因此死亡。对此，尚无明确可行的解决措施。伤员刚受伤不久，需要多方面的治疗，这时为了解决栓塞问题使用抗凝血剂恐怕是不明智的。
另外，还有一个令人难以理解的现象。在伊拉克受伤的士兵中还传播着一种具有多重抗药性的鲍氏不动杆菌，而从阿富汗战场送回来的士兵当中似乎不存在这种情况。这种病菌的抗药性究竟是抗生素的使用造成的，还是已然存在于驻伊部队的群体之中，还是个未知数。不管是何种原因，2004年，沃尔特·里德接收到的442名伤员当中，有37人（即8.4%）感染了鲍氏不动杆菌，该比例较之前高出很多。细菌会感染士兵身上的伤口、假体<a id="link-301" href="#link-302"><sup>①</sup></a>，而且至少还能再传染其他三名医院病患。后来，来自伊拉克的撤退伤员一到达，就会被隔离并监测是否携带病菌。沃尔特·里德也不得不投入更多的人力、物力，保证卫生工作人员更好地清洁双手。
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上述这些都还只是属于医学上的困难而已，战争形式的变化同样会带来其他一些亟待解决的困难。随着战争从最初的闪电性、高机动化的军事行动转化为更为持久的驻守行动，野战医院必须作出调整，将设施固定化。比如，在巴格达，医疗工作人员迁入了绿区的伊本·西那医院。调整之后，越来越多的伊拉克平民前来就诊，但是关于是否应当为他们提供医疗服务，上级并没有给出具体的指导方针。有些医院拒绝诊治平民，因为害怕有自杀式炸弹袭击者混迹其中；其他医院同意接诊伊拉克病人，但很快就发现人数太多，医院的资源根本无法承受，特别是小儿科，相关人手和医疗供给实在有限。
医院要求额外增派人手，并补充各种物资。然而，由于军队的医疗需求提高，后方人手供应更加紧张。同时，医疗人员对签约服兵役的兴趣急转直下。根据军方的统计，2004年，除了墨菲以外，只有14名外科医生加入预备役，人手严重不足。当时，军队里的泌尿科医生、整形医生和心胸外科医生都被叫来承担部分普外科医生的工作。国防部宣称只要加强经济报酬方面的激励，就能吸引更多的医学专业人士。可惜这个策略没能成功。那份酬劳从来就没什么竞争力，再加上极有可能要离开家人到海外服役，以及工作本身的危险性质，根本不足以激起人们入伍的热情。到2005年，伊拉克和阿富汗战争持续的时间比美国参与第二次世界大战的时间还长。不仅如此，历史上任何一场未经过征兵的战争都不曾如此持久。缺乏新生力量的补充，国家军事外科手术团队要想保持出色的成绩是极度困难的。
然而，他们做到了。到2006年末，医疗团队依然能够挽救90%的前线伤员的生命，这是令人难以置信的数字。军队医生们仍在不断改进治疗伤员的策略。他们专心致志地从实践中总结科学，而不是坐等新发明的出现；他们在极其艰苦的条件下表现出了英雄主义的个人牺牲精神。这就是他们成功的秘诀。
这里特别有必要提到一位名叫马克·泰勒的外科医生。他本人曾获得军事装备人才奖学金，并进入乔治·华盛顿大学医学院学习。几年之后，为了履行奖学金规定的义务，他于2001年开始服役，在北卡罗来纳州的福特·布拉格·沃麦克陆军医疗中心担任普外科医生。和很多医生一样，他两次被派往伊拉克，第一次是从2003年2月到5月，第二次是从2003年8月到次年初，隶属第782前线外科手术小组。2004年3月20日，距离他返乡还有四天，在法鲁加城外，这位年仅41岁的外科医生走出营房想要给家人打一通电话，却不幸被一发榴弹击中。尽管队友竭尽全力抢救，还是没能挽救他的生命。这是在伊拉克战场上，第一次有医生付出如此沉痛的代价。
<a id="link-302" href="#link-301">①</a>一种替代人体某个肢体、器官或组织的医疗器械和导管。——译者注
